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Além de serem nutritivos, os alimentos saudáveis devem igualmente ser seguros, isto é, não contaminados por bactérias e isentos de níveis perigosos de pesticidas e de outras impurezas. As preocupações relativamente à segurança dos alimentos têm vindo a aumentar e a tornar-se mais generalizadas. Os meios de comunicação social alertam com frequência para a contaminação da carne de vaca, da alface e de outros frutos e vegetais. Os receios dos pesticidas tóxicos e potenciais prejuízos provocados pelos alimentos produzidos pela engenharia genética encontram-se disseminados.
A agricultura moderna e os métodos de processamento dos alimentos tiveram extrema importância para produzir mais alimentos de forma menos dispendiosa. Mas estes métodos criaram problemas relacionados com a segurança. Os esforços para maximizar os resultados conduziram a uma maior utilização de pesticidas nas colheitas e de hormonas nos animais. Os estábulos com grande densidade de animais das quintas industriais e os matadouros e as fábricas de processamento de alimento do tipo linha de montagem em grande escala aumentaram a disseminação de bactérias perigosas nos alimentos.
A adição por rotina, pelos agricultores, de antibióticos à ração dos animais deu origem a bactérias que são resistentes ao tratamento com medicamentos.
Na verdade, o nosso fornecimento de alimentos é razoavelmente seguro, mas poderia ser mais. As autoridades reguladoras trabalham em conjunto com os agricultores e com os matadouros no sentido de serem tomadas maiores precauções contra a disseminação dos germes. A agricultura orgânica e sustentável e outras estratégias constituem uma forma para reduzir a necessidade de fertilizantes sintéticos e pesticidas tóxicos, mas aumentam o custo. Entretanto, existem algumas medidas que pode tomar ao seleccionar, manusear e armazenar os alimentos para minimizar os problemas de segurança.
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